Otto har en ph.d. i transport og industriell økologi fra Aalborg Universitet i 2003, cand.scient. i biokjemi fra Universitetet i Oslo i 1982. Han har arbeidet som forsker ved Vestlandsforsking siden 1994 med hovedfokus på industriell miljøproblematikk, transport og alternativ energi.
Otto har også vært gjesteprofessor ved Universitetet i Shanghai, og jobbet som seniorforsker ved Dyno Particles sin kvalitetsavdeling, ved 3M sin legemiddelavdeling i St. Paul Minnesota, ved University of Minnesota, og ved Folkehelseinstituttet i Oslo.